Какие настройки организации лучше не трогать без плана?

Часть параметров влияет на всех сразу: интеграции, политики публикации, контроль одновременных правок.

По шагам

1. Перед сменой сделайте скрин или запишите текущее значение.
2. Меняйте по одному параметру и проверяйте сценарий на тестовой странице.
3. Сообщите редакторам, если меняется привычный процесс публикации.

Секреты интеграций и ACL не «пробные тумблеры» - к ним нужен владелец изменения.